LY/T 3191-2020 林木DNA条形码构建技术规程

ICS65.020

B60

LY

中华人民共和国林业行业标准

LY/T3191—2020

林木DNA条形码构建技术规程

TechnicalregulationsofDNAbarcodesinwoodyspecies

2020-03-30发布2020-10-01实施

国家林业和草原局发布

LY/T3191—2020

前言

本标准按照GB/T1.1—2009给出的规则起草。

本标准由国家林业和草原局提出。

本标准由全国林木种子标准化技术委员会（SAC/TC115）会归口。

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LY/T3191—2020

林木DNA条形码构建技术规程

1范围

本标准规定了林木DNA条形码构建中样本采集策略、核心DNA条形码片段选取标准、DNA提取

技术和保存、序列测定和编辑方法、系统发育关系构建等技术要求。

本标准适用于林木DNA条形码的构建。

2规范性引用文件

下列文件对于本文件的应用是必不可少的。凡是注日期的引用文件，仅注日期的版本适用于本文件。

凡是不注日期的引用文件，其最新版本（包括所有的修改单）适用于本文件。

SN/T4625-2016DNA条形码筛选与质量要求

SN/T4626-2016DNA条形码物种鉴定操作规程

SN/T4714-2016DNA条形码数据库技术规范

3术语和定义

下列术语和定义适用于本标准。

3.1DNA条形码DNAbarcodes

是从线粒体、叶绿体或核基因组区域中筛选的一段短的通用的DNA序列，以期对现存生物在物种

水平上进行快速而准确的识别和鉴定。

3.2引物Primer

是一小段单链DNA或RNA，作为DNA复制的起始点，在核酸合成反应时，作为每个多核苷酸链进

行延伸的出发点而起作用的多核苷酸链。

3.3聚合酶链式反应PolymeraseChainReaction(PCR)

一种体外酶促合成特异DNA片段的方法，由高温变性、低温退火及适温延伸等几步反应组成一个

周期，循环进行，使目的DNA得以迅速扩增，具有特异性强、灵敏度高、操作简便省时等特点。

3.4DNA序列DNAsequence

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多核苷酸链中的核苷酸的排列顺序。可能的字母只有A、C、G和T，分别代表组成DNA的四种核苷

酸——腺嘌呤，胞嘧啶，鸟嘌呤，胸腺嘧啶；无间隔地排列在一起，例如序列AAAGTCTGAC。

3.5DNA测序DNAsequencingtechnology

对DNA分子的核苷酸排列顺序的测定，也就是测定组成DNA分子的A、T、G、C的排列顺序。

3.6系统发育关系Phylogeny

生物有机体随着时间变化而呈现的起源、演化历史及其亲缘关系。

3.7简约法系统发育分析PhylogeneticAnalysisUsingParsimony(andOtherMethods)(PAUP)

一款用于构建进化树(系统发育树)及进行相关检验的软件，包含了众多分子进化模型和方法，可利

用最大似然法、简约法、距离法等分析分子数据(DNA、蛋白质序列)、形态数据及其他类型数据。

3.8系统发育研究赛百平台CyberinfrastructureforPhylogeneticResearch(CIPRES)

一款为科研机构和研究人员设计和开放的远程超级计算机平台，可满足巨量数据的运行要求，能大

幅节约时间成本，提高运算结果的可靠性。

3.9分子进化遗传分析软件MolecularEvolutionaryGeneticsAnalysis(MEGA)

一款操作便捷、功能强大的分子进化遗传分析免费开源软件，可与其他在线公共超算平台互补。

3.10DNA条形码系统发育R包Phylotools

一款可自动进行大规模DNA序列排列和比对的软件，可构建基于多个条形码片段的超级矩阵，获

取群落水平系统发育关系。经过非参数速率平滑NPRS法(r8s)转换后的进化树，就可以进行相应的群落

系统发育分析。此外，可根据实际情况增加MAFFT等算法更新、运行速度更快的比对软件，获得更准

确的分析结果。

4样本采集策略

4.1采集部位。干净的成熟叶片最佳，特殊情况下可采集枝条、树根和树皮韧皮部等材料；避免采

集被虫咬、有病菌的叶片。

4.2样品重量。阔叶树叶片5-10片，细羽状复叶或针叶树叶片5-10克；足够用于DNA提取。

4.3样品数量。常见种3-5个来源于不同居群的个体，稀有种尽量多采集；避免样品中出现错误鉴

定的物种。

4.4样品编号。结合样地中物种号和树牌号进行编号；多个个体时，需作区分；如樟树-1(+树牌号)，

樟树-2(+树牌号)。详细记录采集时间。

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4.5样品保存。直接将材料置于封口袋，在封口袋中倒入干净的硅胶；或将材料放入空茶包中，可

不与硅胶直接接触，确保材料不受污染。若材料含水量较高，注意及时换新的硅胶，保证材料品质；正

常情况下硅胶颜色深蓝，若吸水较多，硅胶颜色将变为浅紫红，此时需换新的硅胶。条件允许的情况下，

对一些叶片材料不容易提取DNA的样品可以采用冷藏保存。